La organización nació inicialmente con el nombre de Confederación Sindical de Docentes Universitarios (CONSIDU) durante el primer congreso nacional del sector, el cual deliberó entre el 28 de abril y el 1 de mayo de 1983. Fue conformada oficialmente el 3 de mayo de 1983 en la Universidad Mayor de San Simón (UMSS) en Cochabamba, Bolivia. En dicho congreso fundacional, se eligió a su primer directorio, liderado por el Ing. Jebner Zambrana como Secretario Ejecutivo, y se ratificó una postura en defensa de la autonomía universitaria y el cogobierno.

En octubre de 1983, mediante la Resolución No. 019 de la XVIII Conferencia Nacional Extraordinaria de Rectores y Dirigentes Universitarios en La Paz, CONSIDU fue reconocida formalmente como miembro nato del Sistema Universitario Boliviano, otorgándosele el derecho a voz y voto en los asuntos de su gremio.

En agosto de 1984, durante la realización de la III Conferencia Nacional de Docentes Universitarios en Santa Cruz, el sector determinó modificar su nombre oficial eliminando la palabra "Sindical", pasando a llamarse formalmente Confederación Universitaria de Docentes (CUD). El cambio se adoptó con el argumento de que la denominación anterior había generado distorsiones en cuanto a los principios y fines auténticos del organismo docente.

En esa misma conferencia de 1984, bajo las siglas de la CUD, se acordó profundizar el cogobierno paritario docente-estudiantil mediante la implementación inmediata de delegados de base democráticos en los Consejos Universitarios de las distintas facultades del país.